A estrutura organizacional da Secretaria da Administração Penitenciária do Rio Grande do Sul foi criada através do Decreto nº 54.677, de 25 de junho de 2019, que regulamentou a Lei nº 15.246/2019, definindo as atribuições da Seapen e o seu organograma.  Ficam vinculados diretamente ao Gabinete do Secretário, a Chefia de Gabinete, a Assessoria Técnica e de Planejamento, Assessoria de Controle Interno, Assessoria Jurídica e Assessoria de Comunicação Social.

Como órgão de Direção Superior, à Direção-Geral do Gabinete, ficam vinculados todos os departamentos, a saber: Departamento de Políticas Penitenciárias, Departamento de Inteligência Penitenciária, Departamento de Engenharia e Arquitetura Penitenciária, Departamento de Gestão Orçamentária e Financeira e Departamento Administrativo.